Chimchar, el Pokémon Tipo Fuego tiene el sueńo de unirse al Pokégremio de Exploradores. Al llegar a la reja del suelo frente al PokéGremio, Diglett detecta la huella de Chimchar. El Pokémon Chimpancé huye hacia la playa, donde disfruta del paisaje y se encuentra con un Piplup. El Piplup afirma que es un humano, pero Chimchar no se lo cree, entonces Piplup se dirige a un pantano y ve que se ha transformado en un Pokémon. Entonces Chimchar le hace la propuesta de formar un Equipo de Exploración. Allí Wigglytuff les da el Maletin de Exploración y un placa de Explorador. El equipo recibe el nombre de 'Pokéamigos'.

Una nueva misión acaba de empezar, el Equipo Pokéamigos tendrá que ir con Grovyle hacia un lugar misterioso, para llegar hasta allí los tendrá que llevar un Lapras. Se alzan al cielo y mientras se aproximan a su destino, Piplup y Chimchar recuerdan algunos momentos desde que se conocieron hasta ser unos exploradores de verdad.

Cuando llegan al lugar misterioso, pueden observar la torre del Dialga Oscuro. En la cima de la pirámide hay un agujero que coincide con el amuleto de Chimchar. Entonces de repente aparece un portal sombrío. De él sale un grupo de Sableye liderados por un Dusknoir. En el momento que Chimchar coloca la piedra, un Sableye rápidamente la coje y el resto de su grupo comienza a rodear a nuestros protagonistas.

Dusknoir aparece y Sableye le da la piedra. Él envía al grupo de Sableye a atacar a nuestros héroes, y, mientras combaten, al Pokégremio se le aproximan unas extrańas nubes negras. Todos sus miembros se toman de las  manos y quedan paralizados.

Chimchar, Piplup y Grovyle derrotan a los Sableye. Dusknoir se dirige hacia el portal del tiempo y Grovyle le frena cogiendole. Dusknoir ataca y caen al suelo, luego Chimchar, Piplup y Grovyle usan sus ataques para frenar y derrotar a Dusknoir. Todos los Sableye se van por el oscuro portal y Chimchar recupera la piedra. Se va a arriba de la pirámide. Mientras Piplup y Grovyle hablan, Dusknoir ataca a Chimchar para recuperar la piedra y finalmente Piplup la recupera. Dusknoir intenta atacar a Piplup pero Grovyle se lo impide.

Dusknoir y Grovyle están agotados, pero el valiente Pokémon Planta recupera sus fuerzas y coje a Dusknoir, llevandoselo al portal para que vuelva a su mundo. Grovyle se despide y tira su bolsa con tres Engranajes del Tiempo. Chimchar y Piplup lloran por la partida de Grovyle. Chimchar recoje los engranajes y Piplup piensa en que pasaría si volviera a ser un humano. Después Piplup pone el engranaje en la bolsa, Chimchar pone la piedra en medio de la pirámide y un disco volador sale hacía la torre donde se encuentra el Dialga Oscuro.